1. 课题来源与背景：本课题来源于广东省自然科学基金管理委员会资助，课题名称“肉鸡肠道微生物与宿主生长的宏基因组关联研究”（编号2015A030310392，项目经费10万元）。肉鸡生长是影响我国肉鸡产业的重要经济性状，同时也是肉鸡育种的主要选择目标之一。我国是世界最大的养禽大国，也是世界上最大的鸡肉消费市场。肉鸡生长是影响我国肉鸡产业高效生产乃至国计民生的重要经济性状，同时也是肉鸡育种的主要选择目标之一。因此，肉鸡生长调控研究一直是畜牧科学研究的热点问题之一。胃肠道是动物消化吸收的重要场所，其中肠道菌群与宿主之间存在着复杂而微妙的共生关系，对宿主的生长、消化、营养、免疫、生理及疾病等方面有着至关重要的作用。相反，肠道微生物的菌群多样性、群落结构和组成与宿主高度相关，其在宿主体内非常稳定，宿主和环境因素共同影响肠道微生物的组成与分布。随着MetaHIT（人类肠道宏基因组计划）计划的开展，肠道微生物的研究已成为近年来国际生物科学家的前沿研究课题。然而目前人们对宿主生长-肠道微生物间的关系还不清楚，更多地将肠道微生物孤立地作为宿主的环境因素看待，这大大影响了对宿主-肠道微生物互作机制的研究。因此，如何进一步深入研究肉鸡遗传-肠道微生物-生长三者之间的内在关系，引起我们的极大兴趣。

    2. 研究目的与意义：本项目立足于广东省地方优良肉用型鸡种惠阳胡须鸡（生长慢速型）和快大型商用肉质鸡A03（生长快速型）为研究对象，通过构建F-2资源群体，选择体重偏向两极的个体，运用宏基因组技术筛选出与肉鸡生长性能相关的关键差异候选菌株，同时整合SNPs芯片数据，以肠道微生物作为复杂性状，挖掘与SNPs显著相关的肠道微生物种类及其丰度变化规律，从基因组水平上建立宿主遗传-肠道微生物-体重三者之间的关系。通过本项目实施将首次从宿主遗传角度解析鸡肠道微生物种类和数量的遗传变异规律，揭示影响肠道微生物变异的宿主基因组区域或主效基因位点（QTL），探讨鸡肠道微生物与宿主生长性状的遗传关系，为鸡生长性状的表型和遗传变异提供新来源，为数量性状遗传提供新知识和发展育种新技术提供理论基础。

    3. 主要论点与论据：研究发现性别不同肉鸡肠道微生物组成差异较大，且母鸡高低体重的微生物群落结构相似度较低，差异较大，可有效区分；全基因组关联分析发现影响微生物菌群结构多样性效应显著的 SNP 位点7个。

    4. 创见与创新：充分利用广东地方特色鸡种惠阳胡须鸡（生长慢速型）和快大型优质肉鸡A03（生长快速型）的生理特点，构建F-2资源群体，旨在有效筛选分析与肉鸡生长性能相关的微生物菌群，进而建立宿主遗传多态性和肠道微生物之间的关系。从宿主遗传角度解析鸡肠道微生物种类和数量的遗传变异规律，揭示影响肠道微生物变异的宿主基因组区域或主效基因位点，探讨鸡肠道微生物与宿主生长性状的遗传关系，为鸡生长性状的表型和遗传变异提供新来源，为数量性状遗传提供新知识和发展育种新技术提供理论基础。

     5. 社会经济效益，存在问题：目前已发表项目研究相关的SCI论文2篇（均标注项目资助），在此基础上获得国家自然科学基金（青年基金）项目资助。国内外研究发现饲养环境和宿主品系对肠道菌群的结构具有重要影响，菌群的结构功能具有显著的品系特异性。因此，本项目挖掘获得的候选SNP位点后续需要进一步在其他品系肉鸡群体开展验证试验。

     6. 历年获奖情况：项目研究过程中申请人所在团队荣获中华农业科技奖优秀创新团队（排名16）。