①课题来源与背景； “基于全基因组关联分析的冬瓜、黄瓜重要性状分子辅助育种研究” 来源于广东省科技厅应用型科技研发专项资金项目（编号：2015B020231004）。黄瓜、冬瓜基因组测序陆续完成，为黄瓜苦瓜重要性状基因的定位和相关分子标记的开发提供了重要参考，分子标记辅助育种正迎来重大发展机遇。

    ②技术原理及性能指标； （1）采集冬瓜、黄瓜重测序的核心资源产量（包括熟性、单果重、果长、横径等）、抗性（抗枯萎病、疫病等）表型数据。 （2）利用覆盖全基因组范围的SNP与冬瓜和黄瓜的产量、抗性等表型数据进行关联分析筛选出较少数量的阳性SNP。 （3）根据与目标性状相关联的SNP位点，开发特异的CAPS或dCAPS标记。 （4）利用分子标记选择携带优异性状的资源，通过相互杂交将多个优异基因聚合，获得含有多个优异基因的材料，配制杂交组合，并通过产量、抗性等综合评价，筛选出优势组合，进一步参加区试及品种审定，并在全国范围内示范推广。

    ③技术的创造性与先进性； 1.本项目利用高通量测序技术首次完成了冬瓜基因组De Novo测序，开展了冬瓜核心种质的全基因组重测序，同时也完成了本单位收集保存的黄瓜核心种质的全基因组重测序，开发了大量的SSR和SNP/InDel分子标记，从全基因组水平上系统地分析了本单位冬瓜 、黄瓜种质资源的遗传多样性和亲缘关系，为种质资源的杂交育种利用提供了科学的背景参考。 2.本项目通过GWAS与BSA相结合的方法，首次定位分析了冬瓜籽型、冬瓜单瓜重、瓜长、横径、肉厚、第一雌花节位等果实相关性状调控基因以及黄瓜对枯萎病和疫病的抗性基因，开发了相应的分子标记用于辅助冬瓜、黄瓜育种，推进了冬瓜、黄瓜分子标记辅助选择育种体系的完善。 3.本项目发挥本单位在冬瓜、黄瓜种质资源上的优势以及基因组学资源优势，针对产量和抗性等重要农艺性状开展高效的育种与示范推广，将传统杂交育种体系与分子育种体系有机结合，增强了本单位在冬瓜、黄瓜分子育种技术领域的核心竞争力。

     ④技术的成熟程度，适用范围和安全性； 育成铁柱2号冬瓜、墨宝冬瓜和粤丰黄瓜三个新品种，育成的新品种已在广东主产区从化、增城、清远、河源、阳江、茂名、湛江示范推广，具有品质好、抗性突出和产品售价高于同类品种等优良特点而受到广大消费者和种植户的普遍认同。

    ⑤应用情况及存在的问题； 项目执行期的三年间，依托广东科农蔬菜种业有限公司在广东范围内的各地市销售区域，配合各经销商在各销售渠道做好配套技术服务，在项目实施期间在广东主产区（从化、增城、清远、河源、阳江、茂名、湛江）累计销售该项目新品种830公斤，其中铁柱2号冬瓜500公斤、墨宝小冬瓜30公斤和粤丰黄瓜 300公斤，在广东各主产区累计示范推广面积已达8500亩。新品种因具有品质好、抗性突出和产品售价高于同类品种等优良特点而受到广大消费者和种植户的普遍认同，各地种植的积极性很高。根据各地销售推广该项目新品种的势头，预计项目完成后的3年内，省内外各经销点销售该项目新品种种子累计可达5000公斤，按每公斤平均售价2000元计，新增销售收入将超过1000万元，推广面积可达3万亩。

    ⑥历年获奖情况； [1] 广东省科学技术奖二等奖：冬瓜种质资源挖掘、创新、抗性机理及其利用研究，2016.2。 [2] 中华农业科技奖二等奖：优质多抗冬瓜种质创制与新品种选育，2017.11。 [3] 中国热带作物学会科技进步奖一等奖：优质多抗冬瓜种质挖掘、创制及其利用研究，2017.11。