基因组选择是新一代畜禽育种选择方法,具有早期选择准确率高、可缩短世代间隔、对于低遗传力性状以及难以测量或测量费用高的性状选择效率高等优点。实施基因组选择最大的阻力是基因组标记分型成本巨大，虽然基因芯片分型的成本已经大幅下降，但对于优质肉鸡育种，基因组遗传标记分型成本仍然昂贵，限制了基因组选择方法的应用。简化基因组测序技术可以使基因组遗传标记分型成本显著降低，相比基因芯片技术，获取同样数据量的SNP标记，仅需1/3左右的费用，为降低基因组选择的实施成本提供了一种可选的途径。但是由于简化基因组测序技术受限于酶切位点的位置，其所获取的SNP标记分布与基因芯片技术存在较大的差异，这就对利用简化基因组测序技术获取的SNP标记用于基因组育种值估计提出了挑战，需要针对简化基因组测序技术所获取的SNP标记对基因组育种值估计模型进行相应的优化。

    本项目实施，完成共22 个F0亲本和 399 个F2简化基因组SLAF 测序；完成F2代504只鸡饲料转化率等7个重要经济性状遗传力估计；完成利用简化基因组SLAF 测序和基因芯片两种技术所获取的SNP遗传标记构建亲缘关系矩阵；完成6周龄体重5个性状基因组育种值估计，简化基因组测序与基因芯片技术基因组估计育种值均值分别是0.887和0.873，简化基因组测序技术优于基因芯片技术，经评估，简化基因组测序技术可以作为基因芯片的替代技术用于个体的基因组标记分型，形成1套费用低廉基因组选择实施方案。该项目后续研究内容获得广东省省级科技计划项目农村科技领域类别重点项目立项支助1项，发表论文2篇，其中SCI收录论文1篇，申请国家专利1件，培养科技人才2名。