该项目以“中医药学如何从经验迈向循证”为突破点，首创“中医药整体证据”方法，整合多来源证据建立古代与现代证据相结合、临床和基础证据相补充的中医药证据体，并提出基于证据体的证据分级参考建议；创建多来源证据“筛选-评价-分级”全程高效研究系统，建立古今病症诊断相似度评价标准、中医药疗效与安全性评价的证据质量分级标准和证据等级升降级标准，实现古今证据印证和传承；构建整体证据推荐方法及中医诊疗指南、临床路径制修订关键技术，开发计算机辅助决策知识系统，促进证据向临床转化，指导临床实践。

    项目《中医药整体证据研究的标准化操作规程》获中华中医药学会团体标准发布，包括总则、古籍和现代证据研究3个系列标准，应用到29个中医优势病种循证评价，相关证据被5部国际指南采纳；颁布《中医（中西医结合）临床实践指南制修订通则 总则》等技术标准10部，指导制定中华中医药学学会系列临床诊疗指南32部、专家共识10部，其中《中医内科常见病诊疗指南-头痛（修订）》是美国国立指南文库（NGC）全球范围内首次收录的唯一中医的临床指南。

    该项目发表论文82篇（SCI 63篇），出版专著21部，获发明专利1项、软件著作权4项、著作版权4项；颁布团体标准4项、地方标准8项。项目第一完成人成为国家卫生计生突出贡献中青年专家、国家中医药领军人才“岐黄学者”，第二完成人为教育部长江学者特聘教授、兼任世界卫生组织传统医学顾问及国际补充医学研究学会主席，第三完成人获全国中医药杰出贡献奖；项目单位获批为示范型国家国际科技合作基地及Cochrane中国协作网唯一中医药院校机构。